Связующим звеном между гомеопатией и гомотоксикологией являются лишь группы исходных концентрировных веществ («яды» или «токсины») из которых готовят препараты. Изначально в основе недавно созданной гомотоксикологии отсутствуют принципы индивидуального подбора препаратов и возможность влияния гна организм больного определеннями разведениями лекарственного вещества и, к сожалению, общий принцип подобия сводится к симптоматическому лечению болезни, но не больного.

В гомеопатии существует правило Геринга, согласно которому излечение идёт сверху вниз и изнутри к наружи. Лекарственные обострения при приёме гомеопатических препаратов явление весьма распространенное хотя и не обязательное.