Связующим звеном между гомеопатией и гомотоксикологией являются лишь группы исходных концентрировных веществ («яды» или «токсины») из которых готовят препараты. Изначально в основе недавно созданной гомотоксикологии отсутствуют принципы индивидуального подбора препаратов и возможность влияния гна организм больного определеннями разведениями лекарственного вещества и, к сожалению, общий принцип подобия сводится к симптоматическому лечению болезни, но не больного.

Один из постулатов гомеопатии – лечить больного, а не болезнь. Именно по этому в гомеопатии не существует препаратов, помогающих «от запора» или «от горла», а речь идёт о так называемой «лекарственной конституции», под которой понимают психические и физические особенности человека, его реакции на недомогание или болезнь, особенности его обменных процессов.